一、扩增子
1. 组织样本
1.1 植物组织>0.5g,成熟组织部位,例如植物根、茎、种子等部位建议2倍以上
1.2 动物组织>0.3g,核酸不丰富部位,例如脂肪、成熟皮肤、骨头等部位建议增加采样量
1.3 动物血液(哺乳类)>1mL;动物血液(红细胞有核类)> 0.5mL,血清血浆需酌情增加采样量
1.4 唾液>4mL
1.5 菌液(对数生长期)>4mL;菌体:对应菌液离心后菌沉淀30-50µL;真菌菌丝>0.5g
1.6 土壤:固体2g,液体2mL
1.7 粪便、肠道内容物、食糜≥1mL(离心管刻度);瘤胃液>2mL
1.8 水体(滤膜):直径4cm,滤膜3张,如果菌群丰度较低,建议增加采样量
1.9 拭子>4个,拭子表面有明显颜色变化,达到富集微生物的目的
2. 核酸样本
PCR-free文库 浓度>24ng/μl, 体积在50μl~120μl,总量 >150ng
二、宏基因组
1. 组织样本
1.1 土壤/污泥/沉积物/腐殖质:≥5ml(离心管刻度)或≥3g;建议使用5mlEP或15ml、50ml离心管进行装载,并用封口膜封口,使用自封袋容易撒漏导致样品交叉污染
1.2 粪便、肠道内容物≥2mL、食糜≥4mL(离心管刻度)或≥2g;
1.3 瘤胃液/发酵液/组织液/冲洗液(离心有明显沉淀)3-5ml或沉淀≥1 g
1.4 水体、空气滤膜:直径4cm,滤膜3张(有明显颜色沉淀在滤膜上)
1.5 拭子:5-10个;无菌拭子反复擦拭,拭子表面有肉眼可见变化,对于较干燥的表面,可用生理盐水浸湿拭子后擦拭,以采取更多的微生物
2. 核酸样本
宏基因组文库:浓度>24ng/μl, 体积在20μl~120μl,总量 > 400ng。
三、单菌(真菌、细菌)
1. 组织样本
1.1 样本量:菌体≥2g,-80℃保存,干冰运输
1.2 样本准备:对数期4ml菌液,4000×g离心10min(4℃),弃上清,沉淀(对应菌液离心)用无菌水洗2次后干冰运输。
1.3 甘油保存的样本,需要重新液体培养基(例如 LB)活化到对数期。
1.4 真菌(>0.5g)大型菇类等,建议运输菌丝,不建议运输孢子或是子实体,杂合率较高,不利于组装
1.5 样本一定为非灭活样本,灭活会导致核酸严重降解
2. 核酸样本
DNA 小片段文库:浓度>24ng/μl,体积在20μl~120μl,总量>400ng 。