一、扩增子
1. 组织样本
1.1 植物组织>0.5g，成熟组织部位,例如植物根、茎、种子等部位建议2倍以上
1.2 动物组织>0.3g，核酸不丰富部位,例如脂肪、成熟皮肤、骨头等部位建议增加采样量
1.3 动物血液(哺乳类)>1mL；动物血液(红细胞有核类)> 0.5mL，血清血浆需酌情增加采样量
1.4 唾液>4mL
1.5 菌液(对数生长期)>4mL；菌体：对应菌液离心后菌沉淀30-50µL；真菌菌丝>0.5g
1.6 土壤：固体2g，液体2mL
1.7 粪便、肠道内容物、食糜≥1mL（离心管刻度）；瘤胃液>2mL
1.8 水体(滤膜)：直径4cm，滤膜3张，如果菌群丰度较低，建议增加采样量
1.9 拭子>4个，拭子表面有明显颜色变化，达到富集微生物的目的
2. 核酸样本
PCR-free文库 浓度>24ng/μl， 体积在50μl~120μl，总量 >150ng
二、宏基因组
1. 组织样本
1.1 土壤／污泥／沉积物／腐殖质：≥5ml（离心管刻度）或≥3g；建议使用5mlEP或15ml、50ml离心管进行装载，并用封口膜封口，使用自封袋容易撒漏导致样品交叉污染
1.2 粪便、肠道内容物≥2mL、食糜≥4mL（离心管刻度）或≥2g；
1.3 瘤胃液／发酵液／组织液／冲洗液（离心有明显沉淀)3-5ml或沉淀≥1 g
1.4 水体、空气滤膜：直径4cm，滤膜3张（有明显颜色沉淀在滤膜上)
1.5 拭子：5-10个;无菌拭子反复擦拭，拭子表面有肉眼可见变化，对于较干燥的表面，可用生理盐水浸湿拭子后擦拭，以采取更多的微生物
2. 核酸样本
宏基因组文库：浓度>24ng/μl， 体积在20μl~120μl，总量 > 400ng。
三、单菌（真菌、细菌）
1. 组织样本
1.1 样本量：菌体≥2g，-80℃保存，干冰运输
1.2 样本准备：对数期4ml菌液，4000×g离心10min（4℃），弃上清，沉淀（对应菌液离心）用无菌水洗2次后干冰运输。
1.3 甘油保存的样本，需要重新液体培养基（例如 LB）活化到对数期。
1.4 真菌（＞0.5g）大型菇类等，建议运输菌丝，不建议运输孢子或是子实体，杂合率较高，不利于组装
1.5 样本一定为非灭活样本，灭活会导致核酸严重降解
2. 核酸样本
DNA 小片段文库：浓度>24ng/μl，体积在20μl~120μl，总量>400ng 。
