一、采样建议
1. 组织类样本
样本类型 | 采样量 | 样本保存和运输 | 注意事项 |
新鲜动物组织 | ≥500mg | 将组织放入旋盖冻存管中密封好,迅速置于液氮中速冻,-80℃保存,干冰运输 | 取相应部位组织,尽量将组织切成1cm2左右的小组织块 |
新鲜植物组织 | ≥800mg |
2. 粪便类样本
样本类型 | 采样量 | 样本保存和运输 | 注意事项 |
粪便 | ≥1g | 建议3g 将挖取的粪便放入采样管中,密封好,液氮速冻,-80℃保存,干冰运输 | 受试者尽量避免有疾病(肠道炎症、癌症等)史,避免有手术等医疗干预 |
处理方法:用采样管中无菌勺挖去粪便中段(基本不接触空气等其他媒介)的部分(3-5g),小鼠粪便至少在3-5粒; |
3. 其他样本
样本类型 | 采样量 |
total RNA | 浓度:≥ 50ng/μL 体积:20μL ≤ V ≤ 120μL 总量:≥ 1μL |
菌体/菌丝 | ≥ 1*107 个 ≥ 0.5 |
肠道内容物 | 0.5-1g |
活性污泥/淤泥/沉积物类 | 10-15mL(约4-5g沉降物) |
土壤 | ≥ 2g(建议富集菌体沉淀) |
肠道内容物类处理方法: (1)实验对象死亡后,无菌解剖刀于无菌环境中取出整个肠道,选择切取所需肠段(如回肠、结肠、盲肠等); (2)无菌手术刀挖取内容物置于无菌离心管中,液氮速冻至少4h以上,后与-80℃保存。 注意:一般单个样本500-1000mg/管内容物。为保证实验顺利进行,尽可能多采集保存样品。 | |
活性污泥/淤泥/沉积物类: 1)从活性污泥装置中取至少10-15ml的活性污泥样本(约4-5g沉降物);或者取距离水底/地表0-10cm的沉积物约5-10g; 2)保存在无菌离心管中,液氮速冻并放置于-80℃保存。 3)RNA提取。液氮速冻。 | |
土壤: (1)土壤样本低温环境(2-8℃)运送至实验室,先2mm筛网过筛,取5-10g保存于无菌离心管中,用RNAlater浸泡,保证全部浸泡在RNAlater中,4℃过夜孵育,随后高速离心去除RNAlater,-80℃保存; (2)土壤样本细菌含量比较低,或含有大块砂石,可先加入无核酸酶的生理盐水或1×PBS,匀浆,自然沉降或低速离心(≤100g,1-2min),吸取上层浑浊液体,放入新的1.5ml或2ml离心管,高速离心(≥8000g10min)弃上清,取沉淀后,再用RNAlater处理。 (3)提取RNA,液氮速冻,-80℃保存。 注意:样本准备过程中所用的离心管必须是无菌无RNA酶的离心管;保存用到RNAlater进行备注,尽量不要冻结,4℃过夜后,需高速离心去除RNAlater才可冷冻;RNAlater使用量:500mg土壤加1-1.5mlRNAlater,充分混匀。 |
二、注意事项
(1)宿主类、环境类样本建议至少10G数据量;粪便类5G数据量;
(2)建议新鲜样本;选取微生物含量较多的部分;
(3)备注样本类型、物种、部位、样本量、保存时间;
(4)组织类样本切记不可反复冻融。反复冻融样本不建议测序;样本存放时间:-80℃不超过3个月;
(5)陈皮等类似样本无法做宏转录组。
三、样本打包
1. 样本的打包
(1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口膜封口。为了防止样品管破裂,或者污染和混乱,请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管采样。
(2)组织样本建议根据采样量使用合适规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品,并用封口膜封口。
(3)为防止样品管在运输过程中受到干冰挤压破裂,最好将样品管放到50ml离心管或其他支撑物中,并在支撑物里添加棉花或卫生纸缓冲。大量样品建议将EP管放置在冻存盒中,并在冻存盒外面包裹气泡垫。如使用锡箔纸、自封袋装载的样品,为防止运输中受挤压破损,建议将锡箔纸折叠整齐装在自封袋中,在样品包装外再用气泡垫包好并固定。
(4)对于血液样品,建议采用5-10ml 塑料抗凝采血管装载,为了防止运输过程中采血管因挤压而损坏,需要将每支采血管管身均用气泡垫包好,然后放置到塑料或纸质包装盒中。
(5)用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发出,建议将样品管盖用封口膜缠绕4-5圈。
2. 样本的名称标识
(1)所有的样品必须具有清晰的标记,并且简洁明了。
(2)使用锡箔纸包装的组织样品建议在锡箔纸内外均标记样品名称,并将锡箔纸放在自封袋中,自封袋外面再标记上样品名称,防止锡箔纸上样品名称模糊引起样品混乱。
(3)使用乙醇沉淀的核酸样品,由于挥发出的乙醇会使记号笔的标记模糊,建议用油性记号笔将样品名称写在标签纸上,然后用透明胶带将标签纸粘贴在样品管壁上,并缠绕2-3圈。
(4)样品名称建议使用“字母+数字”命名方式标注在管盖。其他信息如日期、浓度、物种等可标注在管壁。所有标注内容需与《样品信息单》保持一致。