一、细胞类样本

1. 贴壁细胞

样本类型采样量保存和运输注意事项
冻存贴壁细胞

常量ATAC:>50万/份

微量ATAC:>1万/份

细胞复苏后活性大于80%,一份备份

冻存液冻存后将冻存管置于密封袋中,液氮保存,干冰运输。需消化成单细胞悬液,尽量去除细胞团/碎片/杂质等。
新鲜贴壁细胞

常量ATAC:>10万/份

微量ATAC:>5千/份

活性大于80%

冻存贴壁细胞处理方法:

(1)取出贴壁细胞,显微镜下观察,确定生长状态是否良好,是否有细菌污染。

(2)吸掉培养基,向细胞培养瓶/皿中加入1×PBS(根据培养器皿调整PBS用量),洗2次。

(3)弃尽PBS,加入适量胰酶放回37℃培养箱中消化,利用完全培养基终止反应。

(4)加入500μl 1×PBS洗涤,4°C,500g离心5min,小心吸掉全部上清。

(5)用冻存液(60%完全培养基+30%FBS+10%DMSO)(百分比指体积比)重悬细胞沉淀,按照建议采样量分装,移至冻存管(提前配置细胞冻存液且置于冰上预冷,防止新配置的冻存液过热损伤细胞,待冻存液恢复室温后使用)。

(6)将冻存管置于程序降温冻存盒,于-80℃冰箱梯度降温并暂时保存(请严格按照程序降温来操作,对细胞造成的损伤最小)。24h后,请将程序降温盒中的细胞样本转移至液氮中保存。若没有程序降温冻存盒,建议使用人工传统降温方法:冻存管置于4℃ 10min→-20℃ 30min→-80℃ 16-18h(或过夜,最长放置不超过一个月)→转移至液氮长期储存。

注意:由于细胞复苏后需活细胞数大于5万,因此冻存细胞量至少超出10倍(50W左右,若针对特殊细胞则应加大细胞量)。

新鲜贴壁细胞处理方法:

(1)确定生长状态良好且无污染;

(2)吸掉培养基,加入适量 1×PBS(体系中不可含 Mg2+和 Ca2+)洗 2 次,吸尽培养基;

(3)小心吸除 PBS,加入适量胰酶,37℃培养箱中消化,消化时间和方式请根据细胞类型进行调整,以显微镜下观察细胞是否分散作为调整标准;

(4)加入 5 mL 含血清的完全培养基终止消化,用吸管轻轻地吹下贴壁细胞,500×g 离心 5 min, 小心去上清;

(5)加入 1×PBS 清洗一次,4℃ 500×g 离心 5 min,弃上清;

(6)用 1 ml 以上的培养基/血清重悬细胞沉淀,转移至 2 ml 离心管中,用 parafilm 对离心管进行密封。

2. 悬浮细胞

样本类型采样量样本保存和运输
冻存悬浮细胞

>常量ATAC:>50万/份

微量ATAC:>1万/份

细胞复苏后活性大于80%

冻存液冻存后将冻存管置于密封袋中,液氮保存,干冰运输。
新鲜悬浮细胞

>常量ATAC:>10万/份

微量ATAC:>5千/份

活性大于80%

冻存悬浮细胞处理方法:

(1)取出悬浮细胞于显微镜下观察,确定培养细胞生长状态是否良好,是否有细菌污染。

(2)收集细胞,吸掉全部上清,加入500µl 1×PBS洗涤,4°C 500g离心5min,小心弃上清。

(3)用冻存液(60%完全培养基+30%FBS+10%DMSO)(百分比指体积比)重悬细胞沉淀,分装细胞,移至冻存管(请提前配置细胞冻存液,防止新配置的冻存液过热损伤细胞,待冻存液恢复室温后使用)。

(4)将冻存管置于程序降温冻存盒,于-80℃冰箱梯度降温并暂时保存。24h后,请将程序降温盒中的细胞样本转移至液氮中保存。若没有程序降温冻存盒,建议使用人工传统降温方法:冻存管置于4℃ 10min→-20℃ 30min→-80℃ 16-18h(或过夜,最长放置不超过一个月)→转移至液氮长期储存。

注意:由于细胞复苏后需活细胞数大于5万,因此冻存细胞量至少超出10倍(50W左右,若针对特殊细胞则应加大细胞量)。

新鲜悬浮细胞处理方法:

(1)确定细胞生长状态良好且无污染;

(2)进行细胞计数,每样本取10万/5千个细胞以上,细胞悬液 4℃ 500×g 离心 5 min,小心去上清,离心条件可根据细胞类型进行调整;

(3)加入 1 mL 1×PBS 重悬细胞沉淀,清洗一次,4℃ 500×g 离心 5 min,小心弃上清;

(4)用 1 ml 以上的培养基/血清重悬细胞沉淀,转移至 2 ml 离心管中,用 parafilm 对离心管进行密封。

二、动物组织

样本类型采样量样本保存和运输
动物组织常规组织:50mg/份,备份1-2份置于密封袋中,液氮速冻,干冰运输
动物组织处理方法:

(1)取下新鲜组织,立即剔除结缔组织和脂肪等杂质。

(2)将组织转移至新离心管中,用预冷的PBS溶液漂洗至将组织表面的残留血液冲洗干净。

(3)将冲洗干净的组织样本取出并用无尘纸擦干水分,若组织体积较大,应在冰上将组织切成小块或薄片(每份约50mg),之后置于2ml旋盖冻存管内,准备标记样本名称。

(4)迅速置于液氮中冷冻30min,然后转移至-80℃冰箱中保存。

三、 植物组织

样本类型采样量样本保存和运输
植物组织幼嫩的组织叶片300mg,种子、根等特殊组织部位500~1000mg。备份1-2份。置于密封袋中,液氮速冻,干冰运输。建议选取幼嫩的叶片,种子、根等。

植物组织处理方法:

(1)从植物体上取下新鲜组织,后用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净,吸干。

(2)如果组织体积较大,应在冰上将组织切成小块或薄片,然后放入2ml或更大体积的旋盖冻存管中,每份>300mg,准备标记样本名称。

(3)立即浸入液氮中速冻30min,之后保存于-80℃冰箱。

四、注意事项

(1)确保样本无外源污染,ATAC实验不对样本进行污染检测。

(2)组织样本勿使用RNAlatter、TRIzol、酒精保存。

(3)取样过程中,为减少人为造成的样品间差异,可以采取如下措施:取样时间、部位、处理条件、性别、年龄、操作等过程尽可能保持一致,以免影响实验结果的可重复性和可信度。

(4)原代细胞、经流式分选等初始活性较低的细胞样本,需评估。

(5)结缔组织、脂肪组织、骨骼、血液、皮肤、毛发等特殊组织部位,需评估。

(6)收集好的样品放到EP管中(不建议将样品直接装入密封袋),干冰运输并录样为【RNA组织】。