简介
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个由日本京都大学Kanehisa实验室建立的综合性生物信息学数据库。
主要特点
综合性数据库：整合了基因组、化学和系统功能信息，为理解生物系统的高级功能提供资源。
核心组成部分：
KEGG PATHWAY：展示生物分子间的相互作用网络，如代谢通路、复合物、生化反应。
KEGG ORTHOLOGY (KO)：提供基因和蛋白质的进化关系信息。
KEGG GENES：提供基因的功能性注释和分类。
KEGG GENOME：提供基因组数据和分析。
KEGG COMPOUND：提供化学物质的信息。
KEGG途径：涵盖代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程、人类疾病、药物开发等多个方面。
Pathway显著性富集分析：使用超几何检验方法，找出与差异基因/蛋白显著性富集的Pathway。
研究应用：通过Pathway显著性富集分析确定差异基因/蛋白参与的主要生化代谢途径和信号转导途径。
使用场景
生物系统功能研究：利用KEGG数据库理解生物系统的高级功能。
代谢通路分析：研究代谢通路和相关基因/蛋白质的相互作用。
疾病研究：探索人类疾病相关的基因和代谢途径。
药物开发：利用KEGG数据库中的信息进行药物靶点的筛选和开发。
结论
KEGG数据库作为一个综合性的生物信息学资源，为科研人员提供了从基因组到生化通路的全面数据。KEGG的Pathway显著性富集分析工具，尤其有助于揭示基因/蛋白质在生物过程中的作用和调控机制。随着生物信息学和系统生物学的不断发展，KEGG将继续作为研究生物系统功能和疾病机制的重要工具。
