简介

gutMEGA 是一个专注于人类肠道微生物组的宏基因组数据库,它收集并整合了已发表的人类肠道微生物宏基因组数据。该数据库由中山大学肿瘤防治中心的研究团队建立,旨在提供一个平台,用于研究肠道微生物与人类健康之间的关系,包括疾病和癌症,甚至心理健康。

主要功能

定向检索:通过输入特定的菌群或疾病名称进行定向检索。

数据预览:在 BROWSE 中可以预览数据,包括菌群分类和分组信息。

数据下载:提供所有数据下载链接,包括分析结果和纳入数据集的信息。

详细的分类信息:收集了 6,457 个分类群的 59,132 个量化事件,涵盖 776 个不同条件,涉及 7 个不同级别(界、门、类、目、科、属和种)。

主要特点

全面的数据收集:gutMEGA 整合了来自多个参考数据库的微生物分类信息,包括 NCBI Taxonomy、Ribosomal Database Project (RDP)、Greengenes 和 SILVA,确保了数据的全面性和准确性。

数据一致性:通过统一不同参考数据库中的微生物名称,确保了数据的一致性。

技术实现:gutMEGA 使用 MySQL 数据库存储数据,并利用 HTML、JavaScript 和 PHP 构建网站,使用 ECharts 和其他开源前端库如 jQuery 和 Bootstrap 实现数据的可视化展示。

跨浏览器兼容性:网站在多种浏览器上进行了测试,确保了良好的用户体验。

结论

gutMEGA 是一个强大的宏基因组数据库,用于探索肠道微生物与人类健康之间的复杂关系。通过提供详细的数据预览、定向检索和数据下载功能,gutMEGA 不仅促进了肠道微生物组研究的深入,还为相关领域的研究提供了便利。