简介

GMrepo是由华中科技大学陈卫华教授团队开发的一个专注于人类肠道菌群数据的快速检索和分析数据库。该数据库收录了大量的项目和样本,覆盖多种表型的肠道菌群数据集,为用户提供了一个便捷的平台来查询和重新利用这些数据。

主要功能

项目和样本收录:收录了253个项目,包括58,903个样本,涵盖92种表型的肠道菌群数据集。

快速检索分析:可以直接查询和利用人类肠道微生物数据。

特定查询支持:支持根据年龄、性别、国家、BMI和近期抗生素使用情况等表型进行特定查询。

预先计算信息:提供预先计算好的物种丰度、表型内和表型间的流行度以及菌株共现网络等信息。

疾病信息检索:通过首页的Phenotypes-All phenotypes检索栏中检索疾病名称,获取与该疾病相关的详细信息。

物种信息查看:点击物种名称可以查看该物种在特定疾病中的详细信息,包括疾病组与健康组的统计分析结果。

在线编辑下载:点击Edit chart可直接进入plotly对图片进行在线编辑下载。

样本筛选:支持根据特定条件查找数据库中所有符合条件的样本。

主要特点

数据丰富性:GMrepo数据库整合了大量的人类肠道菌群项目和样本数据,覆盖多种表型。

用户友好的检索:提供了直观的用户界面,使得数据检索简单快捷。

多维度分析:提供了物种丰度、流行度和共现网络等多维度的分析结果。

个性化数据查看:可以查看特定物种在特定疾病中的详细信息,包括统计分析结果。

数据可视化和编辑:提供了数据可视化工具,并允许在线编辑和下载图表。

结论

GMrepo数据库是一个强大的工具,它为研究者提供了一个全面的人类肠道菌群数据平台。通过提供丰富的数据、直观的用户界面和多维度的分析工具,GMrepo极大地促进了肠道微生物组学的研究。