简介
动物微生物组学数据库（Animal Microbiome Database，简称AMDB）是由韩国首尔大学研究团队开发并维护的一个专业数据库。该数据库于2022年1月在《Nucleic Acids Research》杂志上发布，旨在整合和提供动物肠道微生物组的数据和信息。AMDB数据库通过手动管理的方式，整合了34个研究项目的2530个样本测序数据，覆盖了467种动物的10478个肠道微生物分布及群落结构信息，为研究宿主健康与疾病诊疗提供了宝贵的资源。
主要功能
Taxa模块：提供不同物种来源样本中肠道微生物的富集情况。
Host taxonomy Genus：展示特定菌群在不同宿主肠道中的富集情况。
Host diet：展示特定菌群在不同食性动物肠道中的富集情况。
Relative abundance in each sample：表格展示不同物种来源样本中特定菌群的相对丰度值，并提供数据下载功能。
Samples模块：提供感兴趣样本中不同分类水平肠道微生物的富集情况。
Alpha diversity indices：提供Alpha多样性指标，包括物种丰度和多样性。
Composition：以分类树形式展示肠道微生物构成情况，并提供数据下载功能。
Amplicon sequence variant list：基于扩增子序列变异（ASV）展示肠道微生物相对丰度情况。
Projects模块：提供研究项目的详细信息，包括项目描述、参考文献、Alpha多样性指标的可视化结果，以及肠道微生物物种构成分类树和样本信息。
Hosts模块：提供467个动物物种肠道微生物组信息。
Visualization模块：提供肠道微生物组数据的可视化功能，包括样本间物种分布差异分析、肠道微生物与宿主物种类别间的关系网络图，以及肠道微生物与宿主物种食性之间的关系网络图。
主要特点
数据丰富性：AMDB数据库整合了大量动物肠道微生物组的数据，覆盖多种动物物种。
用户友好的界面：数据库界面设计直观，易于快速上手和使用。
多功能模块：提供了多个功能模块，满足不同研究需求。
数据可视化：通过可视化工具，可以更直观地理解数据和分析结果。
数据下载：提供了数据下载功能，方便进行进一步的分析和研究。
结论
AMDB数据库是一个强大的资源，它为研究者提供了一个全面的动物肠道微生物组数据平台。通过提供丰富的数据、直观的用户界面和多功能的分析工具，AMDB极大地促进了宿主健康与疾病诊疗相关的研究。
