简介

SC2disease是由西北工业大学计算机学院的彭佳杰教授课题组开发建立的数据库。这是一个人工整理的数据库，旨在为不同疾病的各种细胞类型提供全面而准确的基因表达概况资源。随着单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的发展，SC2disease数据库应运而生，以汇总不同疾病、组织和细胞类型的所有数据，为生物和医学研究提供新的视角和数据支持。

主要功能

数据汇总：记录了946481个条目，对应341种细胞类型、29种组织和25种疾病。

差异表达基因比较：每个条目都包含不同细胞类型、组织和疾病相关健康状况之间差异表达基因的比较。

基因表达矩阵重新分析：通过统一的管道重新分析基因表达矩阵，以提高不同研究之间的可比性。

细胞类型特异性基因与GWAS比较：将细胞类型特异性基因与全基因组关联研究（GWAS）中确定的单核苷酸多态性（SNPs）的相应基因进行比较，以暗示性状的细胞类型特异性。

Home模块：提供图形化数据展示和按疾病分类的数据链接，以及常见外部参考数据库的链接。

Browse模块：按疾病类型和按细胞类型进行归纳整理的差异基因数据，支持csv格式文件下载和链接到NCBI-Gene。

Search模块：允许输入疾病名、基因名、细胞类型等信息进行精准搜索查询。

Analysis模块：输入疾病名或基因名后，显示数据表和数据可视化。

Download模块：提供不同数据的下载功能。

主要特点

全面的数据资源：提供了不同疾病、组织和细胞类型的基因表达数据。

系统性与分层性：数据库具有系统性和分层性，便于检索和分析。

数据可比性：通过统一的管道重新分析基因表达矩阵，提高了不同研究之间的可比性。

细胞类型特异性分析：通过与GWAS数据的比较，提供了细胞类型特异性基因的分析。

用户友好的界面：提供了详细的帮助文档，方便快速上手。

结论

SC2disease数据库为研究人员提供了一个全面、系统和分层的单细胞转录组数据平台，特别适用于研究不同疾病中的细胞异质性。通过提供差异表达基因的比较、基因表达矩阵的重新分析以及与GWAS数据的比较，SC2disease数据库为生物和医学研究提供了新的视角和数据支持。