简介
PathBank 是一个交互式、可视化的数据库，包含超过600,000个可读取的通路，这些通路在模型生物中发现。这些模型生物包括人类、小鼠、大肠杆菌、酵母和拟南芥等。PathBank旨在支持代谢组学、转录组学、蛋白质组学和系统生物学中的通路阐释和通路发现。它通过提供详细的、可搜索的、超链接的代谢、信号传导、疾病、药物和生理通路图来实现这一点。所有PathBank通路都包括相关信息，如相关细胞器、亚细胞区室、蛋白质复合物辅助因子、蛋白质复合物位置、代谢物位置、化学结构和蛋白质复合物四聚体结构。
主要功能
通路查询：可以用代谢物名称、药物名称、基因/蛋白质复合物名称、SwissProt ID、GenBank ID等查询PathBank。
通路图生成：查询将生成匹配通路的列表，并在每个通路图上突出显示匹配分子。
数据可视化：基因、代谢物和蛋白质复合物浓度数据可以通过PathBank的作图界面可视化。
数据下载：PathBank的图像、注释和表格都可以下载。
通路分析工具：添加工具以支持更好的通路过滤和通过更完整的通路分类进行选择。
主要特点
全面的通路信息：PathBank提供超过600,000个可读取的通路。
丰富的视觉内容：PathBank的通路图和通路描述的质量显著提高。
药物代谢和药物机制通路的重视：PathBank特别强调药物代谢和药物机制通路。
通路图像的兼容性：使大多数通路图像更加兼容幻灯片。
社区注释和提交支持：PathBank支持社区注释和提交。
结论
PathBank 是代谢组学研究的重要资源，为研究人员提供了一个存储、检索和共享代谢通路数据的平台。通过使用PathBank，研究人员可以更好地理解代谢物在各种生理和病理过程中的作用，促进代谢组学领域的发展。其开放的数据共享政策和用户友好的界面也促进了全球范围内的科研合作和知识传播。此外，PathBank 2.0的更新带来了许多重要的改进和升级，这些改进和升级将使数据库更加有用，并且对更大范围的用户更具吸引力。
