NASQAR

简介

NASQAR是一个基因组数据分析平台，它通过将多种测序数据的高级分析和可视化工具封装在一个直观的Web界面中，为用户提供了一个用户友好的生物信息学分析和可视化解决方案。

主要特点

用户友好：简化了生物信息学分析和可视化操作，使非专业用户也能轻松进行数据质量控制和探索性分析。

高质量输出：能够生成可发表级别的数据文件和图形文件，如标准化数据、PCA图、热图、密度图和UMAP/t-SNE图等。

集成开源软件：平台集成了多种开源软件包，用户无需在个人电脑上安装即可使用。

模块化设计：支持单独使用数据预处理、RNA-Seq分析、基因富集分析等功能。

持续更新：NASQAR的功能正在持续增加，包括针对新冠Covid-19流行病学数据分析的工具。

R包集成：主要集成的应用为R包，包括DESeq2、limma、EdgeR、Seurat和clusterProfiler等。

交互式分析：提供了一个公共、综合的交互式生物信息学和可视化分析平台。

数据隐私保护：通过NYU（与Docker/Swarm合作）和AWS Cloud（与Kubernetes合作）提供在线服务，有效保护用户数据隐私。

工作流程记录与分享：用户可以记录和分享整个工作流程所使用的特定命令和参数，确保分析的可重现性。

数据质量控制：进行测序数据的质量评估和初步筛选。

探索性分析：对数据进行初步探索，生成各种图形文件以辅助分析。

差异表达基因分析：使用DESeq2、limma和EdgeR等工具进行基因表达差异分析。

单细胞RNA-seq分析：利用Seurat进行单细胞RNA-seq数据的过滤、标准化和降维分析。

基因集富集分析：使用clusterProfiler进行基因集富集分析（GSEA）和过表达分析（ORA）。

结论

NASQAR平台为转录组数据（包括单细胞RNA数据）、宏基因组学等多种数据类型的分析提供了一个全面、易于使用的解决方案。它通过集成多种生物信息学工具和提供模块化的服务，降低了用户在生物信息学分析和可视化方面的门槛。NASQAR的持续开发和更新保证了平台功能的现代性和前瞻性，使其成为不精通编程的研究人员进行基因组数据分析的有力工具。通过在线服务，NASQAR确保了用户数据的安全性和分析的便捷性。