SHAMAN

STITCH 是一个在线数据库，专注于化学-蛋白质相互作用网络。它由欧洲分子生物学实验室（EMBL）开发，提供了一个全面的数据资源，用于研究化学物质与蛋白质之间的相互作用。

MAP是基于R的免费Web应用程序。用户可以通过单独运行模块或运行由多个模块组成的自定义工作流来挖掘数据,一站式执行几乎完整的代谢组学数据分析。

此平台基于R语言开发，目前含有230余个模块，旨在辅助您快速分析各类组学数据。 该平台含有数据前处理、统计分析、功能分析、可视化作图、医学数据分析、回归分析、 机器学习等模块。平台可时时展现结果，人机交互友好。

对微生物组数据进行全面的统计、功能和综合分析的在线网站

统一的基因表达数据分析平台，支持多种格式的基因表达数据导入，对不同来源的数据进行标准化处理，以确保分析的一致性，对基因进行功能注释，包括基因本体（GO）分类和通路分析。

一种计算工具，使用 ATAC-seq 来推断表观基因组、转录组和高分辨率染色质接触图谱。为研究染色质可及性及其在基因调控中的作用提供了强大的分析平台。

Networkanalyst是一个进行基因表达分析和meta分析的在线可视化分析平台，可以进行比对、定量、基因表达差异分析和富集分析、蛋白相互作用分析、多个数据集整合分析，还可以绘制像PCA、蛋白互作网络图、热图、火山图、韦恩图等高颜值的图片。

CoCoCoNet作为一种工具，用于识别保守的基因模块和比较共表达网络

RStudio是一个专为R语言设计的集成开发环境（IDE），它是一个独立的开源项目，提供用户友好的界面，帮助用户更高效地编写、调试和运行R代码。

R 是一个用于统计计算和图形学的免费软件环境。它可以在各种 UNIX 平台、Windows 和 MacOS 上编译和运行。