简介
MEXPRESS 是一个专门设计用于可视化TCGA数据库中患者临床信息、甲基化和基因表达之间关系的数据库。它允许用户探索这些数据如何相互关联,并提供了一个直观的界面来展示这些复杂的相互作用。
使用方法
1.输入信息:
基因名:用户需要输入想要查询的基因的官方符号(gene symbol)。
癌种:用户需要选择他们想要查询的癌症类型。
2.查询操作:输入所需信息后,用户点击“plot”按钮来生成结果。
3.输出结果
可视化热图:主要结果显示在一个可视化的热图上,包括各个组学信息。
注释信息:热图最上方提供了每个信息点的注释。
具体结果:
临床信息
基因表达信息
基因拷贝数变化信息
基因甲基化位点变化信息
基因相关信息:在甲基化信息的左侧,用户可以看到基因的相关信息,包括基因组长度、不同的转录本、cg位点的位置以及CpG岛的位置。
样本排列顺序:默认情况下,样本的排列顺序是按照基因表达量从小到大的顺序排列的。
统计结果:图中还提供了默认排序变量与其他变量之间的统计结果。具体的统计方法可以在数据库的说明文档中查看。
结论
CGA和MEXPRESS数据库为用户提供了一个强大的工具,用于探索癌症基因组的多个维度。通过这些工具,研究者可以更深入地理解癌症的分子机制,并识别潜在的生物标志物和治疗靶点。