简介
TISMO（Tumor Immune System Modeling Database）是一个专注于肿瘤动物模型的数据库，它为肿瘤免疫学和免疫肿瘤学研究提供了宝贵的资源和分析参考。TISMO 拥有超过两千个同基因小鼠癌细胞系和肿瘤模型的 RNA-Seq 样本，这些样本经过了统一处理和质量控制。
主要特点
大规模样本数据：统一处理了1518个小鼠样本的原始测序数据，涵盖68个细胞系和19种癌症类型。
ICB研究数据：包括832个样本来自免疫检查点阻断（ICB）研究。
体外样本：承载605份体外样本，其中195份经过细胞因子处理。
人工策划的元数据：包括癌症类型、细胞系、小鼠品系、移植部位、ICB治疗和反应状态。
交互式界面：提供交互式Web界面，使用户能够探索基因表达和免疫浸润。
系统比较：允许对不同的模型特征、治疗和反应组进行系统比较。
标准化工作流：数据集使用标准化工作流从原始排序读取中统一处理。
细胞浸润和途径富集：推断了细胞浸润和途径富集水平。
大量注释：对表型元数据进行了大量注释。
功能部分
主页（Home）：包括教程视频和使用数据库的逐步说明。
数据浏览器（Data Browser）：允许用户浏览或搜索元数据，找到相关的同基因模型。
基因（Gene）：模块使用户能够比较不同治疗、应答组和模型之间的基因表达。
通路（Pathway）：用户可以探索通路富集水平，并上传评估自定义的基因集。
浸润（Infiltration）：模块专注于免疫浸润水平的比较和探索。
数据下载（Data Download）：用户可以下载表型元数据、量化基因表达和免疫细胞浸润数据。
文档（Documentation）：总结了数据处理步骤和样本数量。
使用场景
肿瘤免疫学研究：研究人员可以使用TISMO分析肿瘤与免疫系统的相互作用。
免疫肿瘤学研究：TISMO提供的数据有助于研究免疫检查点阻断治疗的反应和效果。
基因表达分析：用户可以探索特定基因在不同癌症模型和治疗条件下的表达情况。
免疫细胞浸润分析：分析不同模型和条件下免疫细胞的浸润模式。
结论
TISMO数据库是一个宝贵的资源，为肿瘤动物模型的分析提供了深度和广度。它的大规模样本数据、详细的元数据和交互式界面，使得研究人员能够更深入地理解肿瘤与免疫系统的相互作用，以及免疫治疗的效果。TISMO的维护和更新对于推动肿瘤免疫学和免疫肿瘤学领域的研究具有重要意义。
