简介
GEPIA2021是一款基于TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据集的在线可视化分析工具，由北京大学张泽民教授团队开发。该工具利用多种生物信息学方法，提供了一个用户友好的界面，使研究人员能够轻松地进行基因表达和相关性分析。
主要特点
基于TCGA数据：利用TCGA数据库中的基因组数据进行分析。
细胞类型去卷积：使用CYBERSOFT、EPIC、quanTLseq等工具将样本数据去卷积，区分不同的细胞类型。
多种细胞类型：在EPIC工具中，包括B细胞、CD4 T细胞、CD8 T细胞、巨噬细胞、NK细胞、内皮细胞、癌症相关的成纤维细胞等。
下游分析功能：根据推断的细胞比例，进行细胞比例分析、关联分析、亚表达分析和生存分析。
可视化展示：提供直观的图表和图形，帮助用户理解数据和分析结果。
在线工具：作为在线工具，用户无需下载安装，即可通过网页访问和使用。
使用场景
基因表达分析：研究人员可以使用GEPIA2021来分析特定基因在不同癌症样本中的表达情况。
细胞比例分析：分析不同细胞类型在样本中的相对比例，了解肿瘤微环境中的细胞组成。
关联分析：探索基因表达与其他临床特征（如生存数据）之间的相关性。
亚表达分析：研究特定亚群细胞中的基因表达模式。
生存分析：评估基因表达与患者生存预后之间的关系。
结论
GEPIA2021作为一个功能强大的在线工具，为肿瘤基因组学研究提供了便捷的数据分析途径。它通过细胞类型的去卷积分析，使得研究人员能够更深入地理解肿瘤微环境中的细胞组成及其与基因表达的关系。此外，GEPIA2021的多种分析功能和可视化展示，极大地方便了用户对数据的探索和解释。随着肿瘤免疫学和精准医疗的发展，GEPIA2021将继续作为研究人员的重要工具，推动相关领域的科学发现。
