miRDB

简介

miRDB是一个在线数据库，专门用于microRNA（miRNA）靶标预测和功能注释。miRNA是一类小的非编码RNA分子，它们在许多生物过程中发挥着调控作用，主要通过与目标mRNA结合来抑制其表达。准确预测miRNA的靶标对于理解miRNA的功能至关重要。

主要功能

靶标预测：使用生物信息学工具MirTarget预测miRNA靶标。这些预测基于机器学习方法，分析了来自高通量测序实验的数千个miRNA-靶标相互作用。

功能注释：提供功能活性miRNA的注释，这些miRNA及其相关功能注释呈现在miRDB的FuncMir Collection中。

表达分析：提供数百种细胞系的表达档案，用户可以限制搜索特定细胞系中表达的miRNA靶标。

基因本体分析：通过整合靶标预测和基因本体（Gene Ontology）数据，预测miRNA的功能。

自定义预测：用户可以提供自己的序列进行自定义靶标预测。

主要特点

多物种支持：miRDB提供了人类、小鼠、大鼠、狗和鸡五种物种的miRNA靶标预测。

更新算法：miRDB使用了更新的预测算法，提供了更新的转录组范围内的靶标预测数据。

用户交互：miRDB提供了一个新的网络界面，允许用户通过整合靶标预测和基因本体数据来预测miRNA的功能。

数据可访问性：miRDB中的所有数据都可以免费访问。

结论

miRDB是一个重要的资源，为研究人员提供了miRNA靶标预测和功能注释的在线数据库。通过使用miRDB，研究人员可以更好地了解和研究miRNA的结构和功能。数据库的更新和改进，如引入新的预测算法和表达档案，使得miRNA靶标检测更加准确和高效。