简介
ATACdb是一个全面的人类染色质可及性数据库，旨在提供大量公开可用的人类染色质可及性数据资源，并以组织/细胞类型特异性的方式注释和说明潜在作用。该数据库为研究人员提供了一个宝贵的资源，以探索染色质可及性在不同生物学过程中的作用。
主要功能
数据存储：记录了来自1400多个染色质可及性ATAC-seq样本的总共52,078,883个区域。
数据整理：这些样本已从与NCBI GEO/SRA数据库中ATAC-seq数据相关的2200多个染色质可及性样本中手动整理而来。
质量控制：提供了包括四个质量控制（QC）指标在内的质控流程。
遗传注释：提供染色质可及性区域内其他详细的（表观）遗传注释信息，包括超级增强子、典型增强子、转录因子、常见SNPs、风险SNPs、表达量QTLs、连锁SNPs、DNA甲基化位点、3D染色质互作和TADs。
转录因子足迹推断：提供了在染色质可及性区域内转录因子足迹的准确推断。
主要特点
全面性：提供了最全面的可及染色质数据、QC、转录因子和各种其他注释。
组织/细胞类型特异性：以组织/细胞类型特异性的方式注释和说明潜在作用。
用户友好：提供了直观的用户界面和丰富的教程，方便用户进行数据挖掘和分析。
数据更新：定期更新数据，确保信息的时效性和准确性。
开放访问：所有数据和工具都是公开的，供研究人员免费使用。
结论
ATACdb 是一个强大的平台，为研究人员提供了一个全面的人类染色质可及性数据库。它的数据挖掘工具和丰富的数据集使得研究人员能够深入理解染色质可及性在基因调控中的作用，为遗传疾病研究和药物发现提供了重要的支持。
