简介
ChIPBase 是一个综合资源和平台，用于解码来自 ChIP-Seq 数据的转录因子结合图谱、表达谱以及长非编码 RNA（lncRNAs、lincRNAs）、微小 RNA（microRNAs）、其他非编码 RNA（如 snoRNAs、tRNAs、snRNAs 等）和蛋白编码基因的转录调控。ChIPBase v3.0 通过分析约 55,000 个 ChIP-seq 数据集，识别了约 171,600 个基因和约 3,000 个调节因子之间的约 1,511,870,000 个调控关系。
主要功能
数据整合：整合了来自 ENCODE、ReMap、CistromeDB 和 GEO 等数据库的约 55,000 个 ChIP-seq 数据集。
调控关系识别：建立了约 1.51 亿个调控关系，涉及约 171,600 个基因和 3,000 种调控因子。
增强子区域预测：构建了“增强子”模块，预测了约 183.7 万个在不同条件下发挥功能的增强子区域。
共表达图谱构建：结合了约 80,000 个正常和肿瘤组织样本的表达数据，构建了调控因子与其靶基因之间的共表达图谱。
表观组分析：构建了“EpiInter”模块，分析 RNA 修饰与组蛋白修饰之间的潜在相互作用。
基因中心调控网络：设计了“网络”模块，提供基因中心的转录调控网络。
主要特点
大规模数据集：整合了大规模的 ChIP-seq 数据集。
全面的调控关系：提供了全面的基因和调控因子之间的调控关系。
用户友好：提供了直观的用户界面和丰富的教程，方便用户进行数据挖掘和分析。
定期更新：数据集和注释轨道会定期更新，以反映最新的科学发现。
开放访问：所有数据和工具都是公开的，供研究人员免费使用。
结论
ChIPBase 是一个强大的资源，为研究人员提供了一个全面的平台来探索和分析 ChIP-Seq 数据。它的数据挖掘工具和丰富的数据集使得研究人员能够深入理解基因表达的调控机制，为遗传疾病研究和药物发现提供了重要的支持。
