1. 送样建议
1.1 WGS全基因组脱靶检测
1.1.1 细胞类样本
样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 |
细胞样本 | ≧5×106个 | 建议1-2个备份 液氮保存,干冰运输。 |
细胞处理方法:
(1)显微镜下观察,确定生长状态是否良好,是否有细菌污染;
(2)送样前,样品做好相应处理:细胞冻存液慢冻,液氮长期保存;或离心收集细胞液,直接液氮速冻。
1.1.2 动物组织
样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 |
动物组织 | 常规组织≧1g/份 珍贵样本≧0.5g/份 建议备份 | 置于密封袋中,液氮速冻,干冰运输。 |
动物组织处理方法:
(1)取下新鲜组织,立即剔除结缔组织和脂肪等杂质。
(2)将组织转移至新离心管中,用预冷的PBS溶液漂洗至将组织表面的残留血液冲洗干净。
(3)将冲洗干净的组织样本取出并用无尘纸擦干水分,若组织体积较大,应在冰上将组织切成小块或薄片(每份约50mg),之后置于2ml旋盖冻存管内,准备标记样本名称。
(4)迅速置于液氮中冷冻30min,然后转移至-80℃冰箱中保存。
1.1.3 其他类型样本
样本类型 | 送样量 |
全血 | ≥1.5ml 使用EDTA抗凝管收集保存 |
基因组DNA | ≥0.6μg |
1.2 Crisper Screen脱靶检测
样本类型 | 送样量 |
纯化的PCR产物 | 质量≥1.5μg,浓度≥60ng/μl,目的片段大小250-280bp最佳,靶位点尽量靠近左端或右端引物,避免设计在PCR产物中间位置,PCR产物需要提供扩增序列的上下游引物序列。 |
文库 | 质量>30ng,体积>10μL;目的片段大小250-280bp |
2. 注意事项
(1)【勿】使用TRIzol保存。
(2)取样过程中,为减少人为造成的样品间差异,可以采取如下措施:取样时间、部位、处理条件、性别、年龄、操作等过程尽可能保持一致,以免影响实验结果的可重复性和可信度。
(3)WGS插入检测项目后期要结合Sanger测序进行最终确定插入位置;建议的插入片段<5000bp,利于结合Sanger验证。