1. 送样标准
1.1 定性蛋白质组
| 实验类型 | 送样建议 |
| 胶点胶条 | 送考马斯亮蓝染色或银染后的胶点/胶条，要求条带清晰，无降解，面积1cm2。 注：考马斯亮蓝染色的条带鉴定到目标蛋白的概率高于银染。 4℃保存，放入EP管中，加入去离子水浸泡，冰袋寄送。 |
| 互相作用谱（IP／Co－IP／Pull－down） | 方案一：IP／Co-IP／Pull-down 的蛋白洗脱液，跑SDS-PAGE胶后，进行染色（建议考染。）.将整个泳道按照轻重链切成五份，轻链重链合并为一个样本，剩下的三个样本作为独立样本，此方案鉴定到目标蛋白的概率最高。 注：此方案相当于 4个独立的样本。费用相当于 4份。 方案二：IP／Co-IP／Pull-down的蛋白洗脱液，跑SDS-PAGE胶，不跑完整个泳道，在样本跑出分离胶1cm后停止电泳，进行染色（建议考染），切胶送样。此方案鉴定到目标蛋白的概率降低，因为shot-gun优先检测高丰度蛋白。 方案三：送蛋白溶液，必须提供溶液成分或详细样本处理过程及试剂，蛋白总量为50 μg以上。 |
1.2 外泌体蛋白质组（Label-free）
| 样本来源 | Label-free | 外泌体鉴定 | |||
| 超速离心 | 透射电镜 | 粒径及浓度 | 流式检测 | WB检测 | |
| 血清/血浆 | 5mL | 0.3mL | 0.3mL | 0.5mL | 0.5mL |
| 细胞上清 | 100mL | 1mL | 1mL | 2mL | 5mL |
| 尿液 | 100mL | 5mL | 5mL | 10mL | 25mL |
| 唾液 | 15mL | 2ml | 2ml | 4ml | 8ml |
| 脑脊液 | 15mL | 1.5ml | 1.5ml | 3mL | 6mL |
| 羊水 | 15mL | 2ml | 2ml | 4mL | 8mL |
| 精液 | 10mL | 0.3mL | 0.3mL | 0.5mL | 0.5mL |
| 胆汁 | 15mL | 0.3mL | 0.3mL | 0.5mL | 0.5mL |
| 腹水 | 30mL | 2mL | 2mL | 5mL | 15mL |
| 乳液 | 50mL | 2ml | 2ml | 4mL | 8mL |
| 卵泡液 | 15mL | 2ml | 2ml | 4mL | 8mL |
| 动物组织 | 3g | 0.3g | 0.3g | 0.5g | 1g |
| 外泌体 | 1g | 0.5g | 0.5g | - | - |
﹡超速离心法分离的外泌体根据样本量可执行Label-free或DIA技术。
﹡分离外泌体前的样本不能加入任何 RNA保护剂（如 Trizol）。
1.3 定量蛋白质组
| 样本类型 | label free | label free | iTRAQ/TMT | DIA | PRM |
| 动物组织 | 常规组织（脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉等） | 20 mg | 30 mg | 30 mg | 40 mg |
| 坚硬组织（软骨、毛发） | 400 mg | 500 mg | 500 mg | 500 mg | |
| 植物 组织 | 柔软组织（木本植物的叶、花等，草本植物，藻类，蕨类植物） | 200 mg | 300 mg | 300 mg | 300 mg |
| 坚硬组织（树根、树皮、树枝，果实种子等） | 2 g | 3 g | 3 g | 3 g | |
| 花粉 | 100 μL | 200 μL | 200 μL | 200 μL | |
| 微生物 | 常见细菌、真菌菌体 | 50 mg或 50 μL沉淀 | 100mg或 100 μL沉淀 | 100 mg或 100 μL沉淀 | 100 mg或 100 μL沉淀 |
| 宏蛋白质组 | 粪便、淤泥、发酵物等 | 3 g | / | 3 g | / |
| 细胞 | 悬浮/贴壁培养细胞（因为细胞大小不一，重点是必须达到要求的体积） | 3×106(20μL细胞沉淀） | 6×106(40μL细胞沉淀） | 6×106(40μL细胞沉淀） | 9×106(40μL细胞沉淀） |
| 液体类 | 血浆/血清 | 10μL（不去高丰度） | 20μL（不去高丰度） | 100μl（大于10个样本） | 20μL（不去高丰度） |
| 200μL（去除高丰度） | 400μL（去除高丰度） | 400μL（去除高丰度） | |||
| 脑脊液 | ≥250μL，建议500μL | ||||
| 尿液 | 15 mL | 30 mL | 30 mL | 30 mL | |
| 唾液/泪液 | 400μL | 600μL | 600μL | 600μL | |
| 乳汁 | 2mL | 2mL | 2mL | 2mL | |
| 培养基上清 | 10mL | 10mL | 10mL | 10mL | |
| 蛋白类（需提供溶剂热缓冲液试剂成分） | 不含去垢剂类蛋白（最佳 buffer 是 6M Urea，建议浓度≥0.5μg/μL） | 50μg | 100μg | 100μg | 100μg |
| 含去垢剂类蛋白(含 SDS，triton X-100，NP40， CHAPS 等去垢剂，建议浓度≥0.5μg/μL) | 150μg | 300μg | 300μg | 300μg | |
| FFPE | 每片厚度10μm，组织面积1cm2（约10ug/片） | 10片 | 20片 | 10片 | 10片 |
1.4 修饰蛋白质组
| 样本类型 | 磷酸化 （label free/DIA） | 标记磷酸化 （TMT） | 酰化/泛素化/甲基化 | 标记乙酰化（TMT） | N-/O-糖基化* | 组蛋白修饰 | |
| 动物组织 | 常规组织（脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉等） | 300mg | 100mg | 1.5g | 200mg | 100mg | 100mg |
| 坚硬组织（软骨、毛发） | 3g | 500mg | 10g | 700mg | 1g | 1g | |
| 植物组织 | 柔软组织（木本植物的叶、花等，草本植物，藻类，蕨类植物） | 2.5g | 500mg | 10g | 700mg | 800mg | 1g |
| 坚硬组织（树根、树皮、树枝，果实种子等） | 10g | 3g | 20g | 5g | 4g | 5g | |
| 花粉 | 800μL | 200μL | 2mL | 300μL | 300μL | 400μL | |
| 微生物 | 常见细菌、真菌菌体 | 200mg或200μL沉淀 | 100mg或100μL沉淀 | 1g或1mL沉淀 | 100mg或100μL沉淀 | / | 150mg或150μL沉淀 |
| 细胞 | 悬浮/贴壁培养细胞（因为细胞大小不一，重点是必须达到要求的体积） | 2×107或100μL细胞沉淀 | 5×106或30 μL细胞沉淀 | 1×108或500μL细胞沉淀 | 7×106或40μL细胞沉淀 | 1×107或50μL细胞沉淀 | 1×107或50μL细胞沉淀 |
| 液体类 | 血浆/血清（不去高丰度） | 1mL | 500μL | 1.5mL | 700μL | 500μL | - |
| 唾液/泪液 | 2mL | 600μL | 3mL | 900μL | 1mL | ||
| 其它 | 不含去垢剂类蛋白（最佳buffer 是 6M Urea，建议浓度≥0.5μg/μL） | 2mg | 400μg | 10mg | 600μg | 800μg | 60μg（纯组蛋白） |
| 含去垢剂类蛋白(含SDS，triton X-100，NP40，CHAPS 等去垢剂，建议浓度≥0.5μg/μl) | 4mg | 800μg | 20mg | 1.2mg | 1.6mg |
2. 样本预处理及保存
2.1 动物组织样本
（1）常规动物组织(脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉等)
1）根据研究目的取特定部位组织，如果组织上有血液残留，用预冷的生理盐水/PBS将其清洗干净；
2）将组织剪切成长0.5 cm小块或100 mg左右的小块装入EP管中；
3）注明组织具体部位，做好标记，液氮速冻5min以上，-80℃保存，避免反复冻融。
（2）软体动物 (血吸虫、旋毛虫等)
1）收集样本，用预冷的PBS去除污染物；
2）做好标记，液氮速冻5min以上，-80℃保存，避免反复冻融。
（3）动物坚韧组织（软骨、毛发等）
1）根据研究目的取特定部位组织，去除非目标组织，并用预冷的PBS洗去附着物；
2）注明组织具体部位，做好标记，液氮速冻5min以上，-80℃保存，避免反复冻融。
2.2 植物组织样本
（1）植物的叶、花、果实、种子、树根、树皮等及蕨类等
1）根据研究目的取特定部位组织，去除非目标组织，取样后用预冷的PBS清洗2-3遍，去除杂质；
2）注明组织具体部位，做好标记后液氮速冻5min以上，-80℃保存，避免反复冻融。
（2）花粉
开花期收集花粉，在显微镜下检查花粉并去除杂质，转入EP管内，液氮速冻，-80℃保存。
（3）藻类组织
根据不同的藻类采取合适的离心力，分离藻类同时保证细胞完整，PBS洗涤2-3次，液氮速冻，-80℃保存。
2.3 微生物样本
1）采用离心法收集菌体，用预冷的PBS快速冲洗2-3次，避免培养基蛋白对菌的污染；
2）每次清洗后4℃，5000 g离心5min将上清完全弃去，菌体收集在1.5mL进口离心管（冻存管）中，记录菌体积，液氮速冻后，-80℃冰箱保存。
2.4 细胞样本
（1）悬浮细胞
1）400-1000 g，离心5-10 min收集悬浮细胞，弃上清；
2）用预冷的PBS溶液洗2-3遍，离心弃上清，收集细胞于1.5ml离心管中；
3）建议每个样品至少2-3管，每管细胞体积大于50μl，记录细胞体积，液氮速冻后，-80℃冰箱保存。
（2）贴壁细胞
1）培养好的细胞去除培养基，用预冷的PBS溶液清洗细胞表面2-3遍；
2）将含细胞的培养皿置于冰上，加入0.5ml 裂解液（6M 尿素，0.1M 碳酸氢铵，0.2%SDS），轻轻摇晃培养皿，用细胞刮将细胞刮下，吸取细胞和裂解液到1.5mL离心管；
3）建议每个样品至少2-3管，每管细胞体积大于50μl。记录细胞体积，液氮速冻后，-80℃冰箱保存。
注：
1）裂解液使用前加入蛋白酶抑制剂（如有条件；Roche，货号：5892791001）；如果进行磷酸化检测，裂解液中需加入磷酸酶抑制剂（Roche，货号：4906845001）。
2）若无此裂解液，也可按照贴壁细胞传代流程，采用胰酶酶解使贴壁细胞脱落，用预冷的PBS溶液清洗细胞2-3遍，再送样。
2.5 液体样本
（1）血浆
1）使用EDTA抗凝管（紫色头盖）采集血液样本，轻轻地上下颠倒混匀8-10次，立即4℃, 1600 g离心10min；
2）用移液器将上层血浆转移至进口1.5ml离心管中，立即添加蛋白酶抑制剂混匀(如有条件)，液氮速冻，-80℃冰箱保存。
（2）血清
1）收集全血至不含抗凝剂的离心管或真空采血管（红色头盖）中，4℃静置15-30min进行凝固分层，4℃，1600 g离心10min（为保证血清质量可再离心一次）；2）用移液器将血清转移至进口1.5ml离心管中，立即添加蛋白酶抑制剂混匀(如有条件) ，液氮速冻，-80℃冰箱保存。
注：
1）样品制备过程中不能溶血，可能出现溶血的原因有：穿刺时消毒的碘或酒精没有完全干透；采血过程对静脉血管过多冲击；摇匀力度太大；抗凝标本摇匀不足；标本保存运送过程温度太高或太低；取血的胳膊同时也在输液；用留置针输液，拔出后马上取血；患者服用消炎药物（如阿司匹林）等。
对于溶血建议解决方法：专业采血人员进行采血；轻柔摇动混匀；上下摇动十次以上；尽量避开治疗和服用特殊药物时采血
血样比色卡
2）如果血浆样本需要去除高丰度蛋白或制备外泌体，在收集样本时不能使用肝素抗凝剂，只能使用EDTA等其他抗凝剂。
3）血清参考得率：30%~50%（例如：1mL全血大约能得0.3~0.5mL血清）；
血浆参考得率：约50%（例如：1mL 全血大约能得 0.5mL 血浆）。
4）对于做Blood Plus 需NP富集的，建议血液样本在3个月以内，越新鲜越好。
（3）唾液
1）取样前禁食2h以上，上午9 -12点取样最佳，将唾液外吐于无菌痰杯内（保持冰浴），不要咳痰，短时间内收集足量样本；
2） 1000g-2000 g离心5min , 取上清于1.5ml离心管(或使用0.22μm滤膜过滤)，液氮速冻，-80℃保存。
（4）泪液
使用毛细管微量移液管收集样品于进口离心管，4℃，8000-14000 g，离心5min , 取上清于1.5ml离心管内，液氮速冻，-80℃保存。
（5）尿液
1）采集受试者晨起或晨间1h的中/后段“新鲜”尿液，于4℃临时保存（不得超过8 h），注意避免细菌污染，收集前注意对饮食的控制；
2）4℃，3000 g离心15min，去除细胞或细胞碎片，液氮速冻15min，-80℃冰箱保存，足量干冰寄送。
（6）乳汁
收集乳汁于离心管中，液氮速冻，-80℃冻存。
（7）脑脊液/关节液/淋巴液/腹水/胸水等
1）收集体液并立即置于冰上，避免血液污染。
2）4℃，2000 g，离心10-15min，去除细胞或者细胞碎片等。
3）取上清分装到离心管中，液氮速冻，-80℃冻存。
（8）羊水
1）羊膜穿刺法取羊水。
2）4℃，10000g离心15min，去除细胞及细胞碎片。
3）将上清立即转移至新的1.5ml离心管中，液氮速冻，-80℃冻存。。
（9）细菌培养上清液
1）细菌培养一段时间后，根据实验设计或细菌培养状态选择合适时间收集细菌上清。
2）4℃，10000 g，离心10-15 min去除细菌，取上清分装到离心管中，液氮速冻，-80℃冻存。
（10）细胞培养上清液
1）培养细胞去除旧培养基，用PBS清洗2-3遍，然后加入无血清培养基继续培养一段时间。
2）根据实验设计或细胞培养状态选择合适时间收集细胞上清。
3）4℃，1000 g，离心10 min去除细胞，收集上清。
4）4℃，10000 g，离心10min去掉细胞碎片，取上清分装到离心管中，液氮速冻，-80℃冻存。
注:
1）收集细胞上清液前，细胞培养基必须使用无血清培养基，避免血清干扰；
2） 细胞需无衣原体、支原体及其他微生物污染，否则可能会影响后续数据质量。
3. 注意事项
1、胶点胶条样品，4℃保存，放入EP管中，加入去离子水浸泡，冰袋寄送。
2、动植物组织、菌体、细胞沉淀、体液样本、培养基上清和蛋白溶液，样品收集后立即置于液氮中冷冻5min，磷酸化蛋白质组推荐加入磷酸酶抑制剂 ，-80℃保存，干冰寄送。
3、若送样为提取好的蛋白，需提供SDS-PAGE电泳图，检测蛋白提取效果，同时满足蛋白浓度在1ug/ul以上。
4、需要制备外泌体的体液样本，建议1个月内启动项目，长期保存可能影响外泌体形态。
5、若送样为蛋白溶液，需提供提取过程使用的试剂成分。样品如有特殊处理，请注明处理的过程及使用的试剂配方。
6、样品中有毒性或腐蚀性的物质，必须事先声明；病原性微生物或具有侵染性的病变组织，需灭活后送样。
7、若样品材料具有特殊性请备注说明，如具有很厚的荚膜、容易氧化等。
8、建议选用进口离心管、冻存管或干净的锡箔纸保存样本，离心管使用Parafilm 封口膜密封管口。
9、样品标记需清晰明确。建议进行双重标记，使用高质量的油性笔在每个样品盛放管上清晰、简明地标记样品名称，样品管请用封口膜封口，将样品名称等各种信息写在标签纸上，贴在管壁，外面再用透明胶带缠绕一圈，与样品信息单中保持一致。
10、样品信息单中务必准确填写样品物种拉丁名、组织来源、蛋白数据库、样品标记名称、管数、样本差异分析组合信息等。
