1. 细胞类样本
| 样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 | 注意事项 |
| 悬浮细胞 | >2×106 /单文库，建议送备份。 | -80°C保存，干冰运输。 | 细胞送样前需自行交联固定；贴壁细胞送样前需消化成悬浮细胞固定后送样。 |
悬浮细胞处理方法：
（1）取出悬浮细胞，显微镜下观察，确定生长状态是否良好，是否有细菌污染；
（2）使用显微镜或荧光细胞计数仪计数，检测对数期细胞的活性和数量，建议活性>90%，细胞所需量:至少2.0×106个/单个Hi-C文库，根据构建文库数推算所需细胞量；
（3）在新鲜培养的状态下进行甲醛交联，交联过程操作需要在超净工作台中进行，所需试剂：37%Formaldehyde(Sigma:F8775-4X25ML）、Glycine(Amresco:0167-1kg）；
细胞固定流程：
（1）细胞计数后在10ml完全培养基（80%1640，20%胎牛血清）中重悬后加入571μl 37%Formaldehyde（甲醛，终浓度2%），室温固定10min（每1-2min上清颠倒一次混匀）；
（2）加入894μl 2.5M Glycine（甘氨酸）溶液，轻微晃动培养瓶/皿，保证甲醛和甘氨酸充分混匀，培养基由粉红色变为亮⻩色，室温终止固定10min，冰上放置15min；
（3）样品溶液400g，4°C离心5min，弃上清；
（4）500μl PBS重悬细胞沉淀后移至1.5ml离心管中；400g，4°C离心5min，弃上清；再加入500μl PBS重悬细胞沉淀，400g，4°C离心5min，弃上清，使用封口膜密封离心管口，放在-80°C保存。
注意事项：
（1）冻存细胞需经复苏或一段时间细胞培养后再进行细胞交联；
（2）为避免实验操作而引起细胞损失，建议使用低吸附离心管和移液器枪头。
2. 动物组织
| 样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 |
| 动物组织 | 常规组织：500mg/份 备份1-2份 特殊组织类型需评估 置于密封袋中 | 液氮速冻，干冰运输。 |
动物组织处理方法：
（1）取新鲜的动物组织，迅速用预冷的 0.9%生理盐水漂洗将组织表面残留的血液冲洗干 净，并剔除结缔组织和脂肪组织等非研究组织；
（2）若组织体积较大，尽量将样品在冰上分割 500mg 左右的组织块，防止样品降解；
（3）将处理好的组织样本保存于冻存管中，盖好螺旋盖，封口膜封口，准确标记，放入 液氮中速冻 10min；液氮速冻之后，转至-80°C 保存，干冰运输。
注意：不建议将样品直接保存于密封袋或不带螺纹旋盖的 EP 管中：密封袋经过液氮速 冻后变脆易破裂，易导致样品交叉污染；不带螺纹旋盖的 EP 管容易渗入液氮，导致管 内体积膨胀爆管。
3. 植物组织
| 样本类型 | 送样量 | 样本保存和运输 |
| 植物组织 | 幼嫩组织（叶片等）：1g 常规冻存组织：3g 备份1-2份 特殊组织类型需评估 | 置于密封袋中，液氮速冻，干冰运输。 建议选取幼嫩的叶片。 |
植物组织处理方法：
（1）从植物体上取下新鲜组织，用灭菌水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净，吸干；
（2）如果组织体积较大，应在冰上将组织剪切成 5 cmX2 cm 左右小块或薄片，然后放 入50 ml带有螺旋盖的冻存管或锡箔纸中，准备标记样本名称；
（3）立即浸入液氮中速冻10 min，之后保存于-80℃冰箱；
注意：植物多含有次生代谢物或多糖多酚，存在较高失败率，因此一定要选取幼嫩叶片。
4. 其他类型样本
| 样本类型 | 送样量 |
| 全血 | 需要分离出细胞，按细胞要求送样。 |
直接送全血 样本量：分哺乳动物和非哺乳动物，哺乳动物 1 个库最少 1ml，非哺乳动物 1 个库最少 500ul，建议送备份样本。 送样建议：取血液于紫色 EDTA 抗凝管中，用抗凝管取血后，画 8 字，轻柔摇晃 6 次， 充分混匀，液氮速冻，速冻时可以放到 50ml 管里以免抗凝管冻裂，干冰送样即可。 |
5. 注意事项
（1）Hi-C建库测序、Hi-C3D图谱、互作图谱、单体型图谱必须有参考基因组。其中Hi-C3D图谱以染色体水平基因组分析效果最佳；其他有初版参考基因组即可，或以近源物种基因组作为参考。
（2）确保样本无外源污染，Hi-C实验不对样本进行污染源检测；对于体量较小、解剖存在困难的物种，需要提前进行饥饿处理，减少后期数据污染。
（3）细胞不可经过核酸染⾊等步骤，以免影响DNA分⼦结构，对后续实验造成影响。
（4）收集好的样品放到离心管或EP管（不建议将样品直接装入密封袋），干冰运输并录样为【RNA组织】。
（5）对于流式细胞仪分选的细胞样本，由于⼤量细胞会在分选过程中损伤或死亡，请务必注意操作的及时性。
（6）细胞计数不宜使⽤流式细胞仪。
